自然科学部は、主に理系の教科に関する研究や勉強を行っている部活動です。活動場所は物理実験室です。部活の雰囲気ですが、とてもフリーダムな部活で、常に解放感に満ち溢れています。自然科学部の目標は、「全員で集まって、一致団結して、自分の興味・関心を深める。」です。自然科学部の活動を詳しく説明すると、毎週水曜日に物理実験室に集まり、自由に実験や研究などをしています。また、博物館などに行って、古代の生き物達がどのような生態をしていたかについて調べてきたり、「高校生のための春・秋の実験・実習セミナー」に参加して、物理、化学、生物、地学のそれぞれの分野を研究していらっしゃる先生方に講座をしていただき、各分野の知識や理解を深めたりするといった活動もしています。これらの活動はとても有意義なものであり、人生に一回あるかないかという頻度でしか参加することのできない、貴重な活動です。これらの活動に参加できるのは、自然科学部だけであり、誰もがそう易々と参加できるものではありません。このように、自然科学部は、普通に生きているだけでは、到底参加できないような活動に参加することができ、なおかつ、誰もが気軽に入れるような、解放感溢れるフリーダムな部活動です。